Giovanni Valagussa si è laureato in Lettere all’Università Cattolica di Milano con Miklòs Boskovits. Ha poi studiato alla Fondazione Roberto Longhi di Firenze con Mina Gregori e per il Dottorato di ricerca a Torino con Giovanni Romano.

Ha scritto in particolare di pittura e miniatura dall’età romanica al Duecento, pubblicando contributi su riviste, in raccolte di studi, in cataloghi di mostre e nella collana I centri della pittura lombarda edita da Cariplo. E’ stato conservatore al Museo civico Ala Ponzone di Cremona e all’Accademia Tadini di Lovere. Attualmente è, dal 2001, conservatore responsabile del museo dell’Accademia Carrara.

Dal 1998 è docente incaricato presso l’Università Cattolica di Brescia per Storia delle arti minori, Storia delle tecniche artistiche e, dal 2002, per Museologia. Per un triennio è stato docente incaricato presso l’Università degli Studi di Bergamo, per Storia dell’Arte medievale.

Ha curato alcune mostre recenti su pittori bergamaschi come Giovanni Carnovali detto il Piccio (con Fernando Mazzocca, nel 2007), Fra Galgario (con Francesco Rossi, nel 2008), Carlo Ceresa (con Simone Facchinetti e Francesco Frangi, nel 2012). Ha curato inoltre una serie di esposizioni di capolavori dell’Accademia Carrara, in occasione della chiusura del museo dal 2008 al 2015, realizzate in diverse sedi italiane ed estere tra le quali Losanna, Caen, Roma, Bruxelles, Canberra, Mosca.

Di recente ha lavorato al progetto per la riapertura dell’Accademia Carrara, occupandosi in particolare della direzione dei restauri dei dipinti, del recupero delle cornici storiche, dell’allestimento delle sale 1-15 dal Tardogotico a Lorenzo Lotto.